現(xiàn)為南京博物院，是中國第一所由國家興建的現(xiàn)代綜合性大型博物館。1933年4月，在國民黨元老、著名學者蔡元培的倡議下，國民政府教育部設立中央博物院籌備處，辦公地點設在北極閣中央研究院。中央研究院在人才和經(jīng)費上對博物院支援良多。院舍工程進行一年多后，1937年7月，抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)，敵機對南京頻繁轟炸，一日數(shù)驚，建筑工程不得不于8月底停下來。
抗戰(zhàn)期間，中央博物院籌備處連同所屬的文物，遷往四川、云南等地，幾經(jīng)遷徙，于抗戰(zhàn)勝利后，又回到南京。日寇占據(jù)南京期間，在博物院設有防空總機構，對已完成的部分大加改造，并破壞多處，損失嚴重。新中國成立后，1950年3月，中央博物院籌備處被正式命名為“南京博物院”。50年代初，人民政府又撥款對博物院的建筑作整修、增建，至此，博物院的第一期建筑工程才算最后完成了。
南京博物院占地面積九萬多平方米，建筑面積一萬七千平方米，其中陳列室面積四千八百多平方米，文物庫房及文物閱覽室面積一萬多平方米，圖書館庫房及閱覽室面積八百多平方米。這些為博物院各項事業(yè)的開展，準備了較好的條件。
新中國成立后，該院的考古工作卓有成效。50年代初，曾在福建、浙江、安徽、山東等地主持或參與發(fā)掘了一些遺址和墓葬，如山東沂南漢墓、福建閩侯曇石山遺址等。1954年以后，一直在江蘇境內(nèi)開展考古調查和發(fā)掘工作，先后發(fā)現(xiàn)、發(fā)掘青蓮崗文化、良渚文化、湖熟文化等遺址五百多處，清理發(fā)掘古墓葬一千二百多座，出土文物十余萬件。
南京博物院現(xiàn)有藏品約42萬件，僅次于北京故宮博物院。