三里河遺址位于山東省膠州市南關街道辦事處北三里河村神仙溝西。
遺址面積約為5萬平方米。60年代初，山東大學歷史系劉敦愿從一件題有高風翰詩序，畫有插蓮花三足陶器的繪畫條幅中發(fā)現(xiàn)線索，按圖索驥，找到這處古遺址。1974年秋和1975年春，中國社會科學院考古研究所山東隊對遺址進行兩次考古發(fā)掘，共出土文物2000余件。遺址的地層堆集分為上、下兩層，上層屬龍山文化層，下層為大汶口文化層，經兩次發(fā)掘，出土文物達2000余件，是一處內涵極為豐富的古遺址。
出土文物中最珍貴的是蛋殼黑陶,經修復完整的有25件,其中在中國歷史博物館展出的黑陶高柄杯,高20厘米,重量只有39克,口沿部分厚度僅有0.3毫米,在制陶史上,堪稱絕代佳作。另有3件獸形陶，一為豬形,一為狗形,另一件形狀奇特,莫可名狀。同時,還發(fā)現(xiàn)兩件錐形器,經鑒定,含銅80％,含鉛、鋅20％,證明龍山文化時期確已掌握了冶銅技術。
大汶口文化層還發(fā)現(xiàn)房址4座，其中完整的1座，面積近8平方米。土墻以淺槽為基，采用多層結構的柱洞，房內挖有1.4米深的大窖穴，內貯粟1立方米余。發(fā)現(xiàn)20多個貯藏物品的窖穴，多為平底，呈圓形或橢圓形。在龍山文化層中只發(fā)現(xiàn)有零星柱洞與貯藏物品的窖穴30多個，也是平底、圓形或橢圓形。氏族墓地發(fā)現(xiàn)兩處。屬于大汶口文化的墓葬60余座，墓穴排列比較整齊，長寬各約2米，以單人仰身直肢葬為主，少數(shù)為仰身屈肢葬。頭向多西偏北，均頭部變形，有拔除側門齒習俗。尸體有的口含玉，有的骨架附近放置海螺和蛤蜊殼，也有的手握獐牙或長條形的蚌器。隨葬器物主要置于腳下，而在手臂旁放置黑陶高柄杯、石鉞、蚌匙等物。隨葬陶器有規(guī)鬲、鼎、缽、罐、豆、尊、杯等。男性多隨葬少量生產工具，為石斧、錛、鏟、鉞等；婦女多隨葬骨針、錐、石紡輪或陶紡輪等，顯示了男女在生產活動上的分工。有的墓葬中，隨葬器物多達數(shù)十件，殉葬豬下頜骨達37塊，說明墓主可能是氏族社會中有特殊地位的人物。屬于龍山文化的墓葬約有百座，多為單人仰身直肢葬，個別為屈肢葬或俯身葬，亦頭西腳東。隨葬器物與大汶口類型墓葬相似，隨葬蛋殼陶的墓主可能是酋長或富有者，個別隨葬器物上發(fā)現(xiàn)涂有朱紅，可能具有某種宗教意義。
2006年三里河遺址作為新石器時代的古遺址，被國務院批準列入第六批全國重點文物保護單位名單。