在玉門(mén)市昌馬鄉(xiāng)水峽村西面緊靠村莊的地方，坐落著一座南北走向的約50米的山崖，山體南北長(zhǎng)約500米。昌馬石窟，就坐落在這高高的山壁的最中央，離地面約25米。從石窟向南到昌馬鄉(xiāng)政府約5公里，從石窟向北到玉門(mén)鎮(zhèn)及312國(guó)道約70公里。一般認(rèn)為，敦煌石窟包括敦煌莫高窟、安西榆林窟和玉門(mén)昌馬石窟。所以說(shuō)，昌馬石窟是敦煌石窟的重要組成部分，是莫高窟和榆林窟的姊妹窟。昌馬石窟開(kāi)鑿于五代宋初，后歷元明又有續(xù)鑿和修復(fù)。原有石窟共計(jì)24座，分為上窖石窟和下窖石窟，分布在昌馬鄉(xiāng)水峽村的上窖山和下窖山一帶。1932年12月25日8時(shí)45分，昌馬盆地發(fā)生了一起震級(jí)為7.7級(jí)的強(qiáng)烈地震，震中在昌馬盆地朱家戈壁一帶，造成昌馬盆地死亡270人、傷300多人、死傷牲畜100多頭、約87%的民房倒塌的巨大損失。就在這次大地震中，昌馬上窖石窟的12座洞窟全部被震塌，石窟中的壁畫(huà)、彩塑等各種文物被全部損毀。昌馬下窟石窟的大多數(shù)洞窟也被這次大地震損毀，只有4座洞窟幸存，這就是我們今天看到的昌馬石窟的4座洞窟。
2019年10月7日，昌馬石窟入選第八批全國(guó)重點(diǎn)文物保護(hù)單位名單。