萬馬河生態(tài)保護區(qū)在《云南省植被區(qū)劃》中，屬“季風熱帶北緣季節(jié)雨林，半常綠季雨林地帶，滇南、滇西南中山寬谷高榕、麻楝林亞區(qū)”。
地理座標北緯24°05′—24°33′54″東經(jīng)98°26′40″—98°42′30″，為潞西市的東部山地，總面積690平方公里（225423畝），占潞西市土地總面積的23.1%，以保護熱帶山地森林生態(tài)系統(tǒng)和多種珍稀瀕危物種為主體，屬森林生態(tài)──生物資源保護，兼屬生態(tài)──生物科考旅游的綜合類型。萬馬河生態(tài)保護區(qū)在《云南省植被區(qū)劃》中，屬“季風熱帶北緣季節(jié)雨林，半常綠季雨林地帶，滇南、滇西南中山寬谷高榕、麻楝林亞區(qū)”。熱帶北緣雨林是保護區(qū)的地帶性植被類型，原生植被的植物群落高大茂密，植物種類豐富。經(jīng)考察，區(qū)內(nèi)的高等植物有2500多種，隸屬250多個科，珍稀瀕危植物，古老的和系統(tǒng)發(fā)育上重要的植物豐富而集中，列入1984年國務院公布的《國家重點保護野生植物名錄》和1999年國務院公布的《國家重點保護野生植物名錄》（第一批）的植物有27種，毛葉黑桫欏、桫欏、水蕨、蘇鐵蕨、云南蘇鐵、翠柏、南方紅豆杉、紅花木蓮、琴葉風吹楠、瑞麗山龍眼、假山龍眼、水青樹、盈江龍腦香、干果欖仁、滇桐、云南梧桐、頂果木、紅椿、林生芒果、云南七葉樹、云南蘭果樹、董棕、箭根薯、光葉天料木、錐頭麻、云南菠蘿蜜、毛葉紫樹。主要的經(jīng)濟植物資源有：用材樹種、藥用植物、野生蔬菜植物、野生果品植物、野生花卉及觀賞植物，還有纖維植物、色素植物、油料植物、香料植物以及多種竹筍和菌類植物。經(jīng)濟植物資源極為豐富。還有許多植物有待進一步研究鑒別。
保護區(qū)內(nèi)有脊椎動物350種，其中：魚類76種，兩棲類14種，爬行類23種，鳥類205種，獸類32種，國家保護動物50種：一類9種，二類41種，有巨晰、蟒蛇、金雕、黑頸長尾雉、綠孔雀、蜂猴、熊猴、灰葉猴、豺、黑熊、水獺、豹、印支虎、水鹿、鬣羚等。萬馬河生態(tài)保護區(qū)是德宏州銅壁關(guān)自然保護區(qū)之后的第二大自然保護區(qū)，是潞西市野生植物資源、動物資源、水資源寶庫、具有極高的科考價值和保護價值。