新崗遺址位于常州市鐘樓區(qū)五星鄉(xiāng)和新北區(qū)三井鄉(xiāng)交界處，滬寧鐵路橫貫其中。自上世紀(jì)七十年代發(fā)現(xiàn)以來(lái)，常州市博物館考古部對(duì)該遺址進(jìn)行過(guò)小規(guī)模試掘（1991年10月）和鉆探（2002年7月），基本摸清了該遺址的面積及文化堆積情況，并于2002年和2003年先后兩次對(duì)該遺址進(jìn)行搶救性考古發(fā)掘。
2002年7月，常州市博物館會(huì)同南京博物院考古研究所對(duì)新崗遺址進(jìn)行了科學(xué)鉆探?？碧奖砻?，該遺址總面積約32500平方米，中心區(qū)域約20000平方米，文化堆積較為豐富。
2002年10月8日-2003年1月15日，南京博物院考古研究所和常州市博物館聯(lián)合進(jìn)行了第一期發(fā)掘。第一期發(fā)掘在該遺址中心區(qū)域分布5×10米探方6個(gè)，發(fā)掘面積300平方米。通過(guò)發(fā)掘，對(duì)新崗遺址的內(nèi)涵有了進(jìn)一步的了解，在遺址的地層堆積厚度約為3米，共分我為六個(gè)層次；一層為耕土層；二層為晚期墓葬擾亂的春秋層；三層至五層為新石器時(shí)代菘澤文化堆積層，出土比較密集的菘澤文化時(shí)期墓葬，出土器物有玉、石、陶等各類器物，玉器有鉞、璜、環(huán)等，石器有斧、錛、研磨器等，陶器有鼎、豆、壺、罐、杯、紡輪、網(wǎng)墜等，其中一些器物既有典型的菘澤文化特征，又有濃郁的地方特色；六層為馬家浜文化堆積層，出土陶器以紅陶為主，器型以寬檐釜、圓錐足鼎、牛鼻耳罐等器物殘片為主。
第一期發(fā)掘，共出土馬家浜文化墓葬5座、菘澤文化時(shí)期墓葬30座、菘澤文化時(shí)期居住遺址2座、灰坑1座，共計(jì)出土各類文物286件，陶片15849片。此次發(fā)掘，出土多座菘澤文化晚期大墓。其中的五號(hào)墓，開(kāi)口在二層下，長(zhǎng)2.55、寬1.2、深0.38米，為長(zhǎng)方形土坑豎穴大墓，墓向?yàn)楸逼珫|10度。填土為黑中帶黃的花土，近墓底為青黃色土。墓主人頭骨、四肢基本完整，但已酥化，牙齒在東側(cè)。未發(fā)現(xiàn)葬具。出土器物分布在人骨架四周，且大部分位于腳部，隨葬有帶把陶鼎、陶甗、陶豆、陶罐、陶杯、陶壺、陶盆、陶紡輪、石錛等各類器物21件，其中的弦紋杯、花瓣圈足杯為菘澤文化的典型器，而帶把鼎又有山東大汶口文化的特征，故此墓既有地方特色，又受其它文化交流的影響。
2003年3月28日-2003年6月20日，南京博物院和常州市博物館又對(duì)新崗遺址進(jìn)行了第二次發(fā)掘，此次仍在遺址中心區(qū)域布5×10米的探方3個(gè)，發(fā)掘面積150平方米。這次發(fā)掘比第一期發(fā)掘，出土墓葬更密集，馬家浜文化墓葬1座、菘澤文化墓葬22座，出土了玉、石、陶、青銅（春秋層）等各種器物188件，陶片3616片。尤以47號(hào)墓的發(fā)現(xiàn)引人注目，此墓是兩期發(fā)掘中規(guī)模最大的菘澤文化墓葬，開(kāi)口于三層下，長(zhǎng)2.65、寬1.04、深0.43米，長(zhǎng)方形豎穴土坑墓，墓向?yàn)楸逼珫|10度。填土為極松軟的灰黑土。墓主人仰身直肢，頭骨被壓扁，四肢較完好。出土器物分布在頭、腳兩側(cè)，隨葬有鼎、杯、壺、豆、紡輪、盆、甑等14件陶器和環(huán)、璜、鐲3件玉器，玉環(huán)在頭前、玉璜壓在頸下、玉鐲壓在左腕下，與人身上佩帶的部位相符。其中玉璜玉質(zhì)瑩澤，出土?xí)r尤為鮮綠，而玉鐲發(fā)現(xiàn)時(shí)已斷成兩截，鐲身有以前修補(bǔ)的痕跡。從此墓的規(guī)模、隨葬品的數(shù)量和種類以及玉器的出土，可以看出墓主是一位在當(dāng)時(shí)有著很高的社會(huì)地位和很多財(cái)富的女性。
根據(jù)兩期發(fā)掘情況看，新崗遺址涵蓋了馬家浜、菘澤及春秋時(shí)期的堆積。其中，馬家浜文化地層較薄，所出墓葬為兒童墓，隨葬品少見(jiàn)。而菘澤文化地層堆積比較豐富，可分為三層，分別代表著早、中、晚三期。新崗遺址早期，墓葬比較簡(jiǎn)單，頭向大多北偏東，一般少見(jiàn)或不見(jiàn)隨葬品，無(wú)明確組合形式。隨? ??品中，以生產(chǎn)工具為多，有扁平長(zhǎng)條形石錛、紡輪等物；陶器以喇叭形足斂口垂棱豆、深腹圜底釜形鼎、高頸扁圓腹平底壺等為代表；基本不見(jiàn)裝飾品。中期墓葬，頭向北偏東，墓葬面積較大，隨葬品增多，隨葬品的生產(chǎn)工具數(shù)量減少，陶器已可看出組合，最常見(jiàn)的是鼎、豆、壺、杯、罐等。其中石器有扁平梯形弧刃斧、長(zhǎng)方形斧、長(zhǎng)方形弧背錛等；陶器以扁鏟足凹弧足釜形或盆形鼎、矮圈足盆形豆、結(jié)節(jié)柄高足豆、直口弧肩折腹罐、長(zhǎng)頸扁腹壺、簡(jiǎn)形杯等為代表。晚期墓葬，頭向與前兩期相似，偶也出現(xiàn)北偏西的墓葬，墓葬面積進(jìn)一步擴(kuò)大，有的大墓長(zhǎng)達(dá)2米多，隨葬器物主要為生活用具，不見(jiàn)或少見(jiàn)生產(chǎn)工具，出現(xiàn)了裝飾玉器，隨葬品非常豐富，組合仍以鼎、罐、壺、杯、豆為主，特別是出現(xiàn)了專為陪葬而制作的小件明器以及一些異形器。隨葬的石器主要有扁平梯形弧刃斧、扁平長(zhǎng)條形錛等；陶器以扁平側(cè)足盆形鼎、绹紋把外撇足鼎、矮圈足豆、多節(jié)形圈足淺盤豆、花瓣足筒形杯、觚形杯、竹節(jié)形杯、瓦楞腹花瓣形圈足壺、矮腹盆等為代表，新見(jiàn)的主要器型有甗、圜、底缸等；裝飾玉器以璜為主，也有環(huán)和鐲，還有作為禮器的鉞。這三期的特征非常接近又有區(qū)別。
新崗遺址的發(fā)掘，豐富了馬家浜、菘澤文化的內(nèi)涵，并發(fā)現(xiàn)兩者的地層疊壓關(guān)系非常清晰，對(duì)研究常州地區(qū)的馬家浜文化——菘澤文化序列增添了較為寶貴的新材料。該遺址晚期有些器物與良渚文化器物極其相似，較好地反映了兩者之間的傳承關(guān)系。另一方面，新崗遺址位于太湖流域西緣，處于史前文化南北交融與江淮流域接壤地帶。從出土器物反映，新崗遺址與山東大汶口文化及南京北陰陽(yáng)營(yíng)文化均有密切的聯(lián)系，對(duì)推動(dòng)環(huán)太湖史前文化研究有較為重要的意義。