新崗遺址位于常州市鐘樓區(qū)五星鄉(xiāng)和新北區(qū)三井鄉(xiāng)交界處，滬寧鐵路橫貫其中。自上世紀七十年代發(fā)現(xiàn)以來，常州市博物館考古部對該遺址進行過小規(guī)模試掘（1991年10月）和鉆探（2002年7月），基本摸清了該遺址的面積及文化堆積情況，并于2002年和2003年先后兩次對該遺址進行搶救性考古發(fā)掘。
2002年7月，常州市博物館會同南京博物院考古研究所對新崗遺址進行了科學鉆探?？碧奖砻?，該遺址總面積約32500平方米，中心區(qū)域約20000平方米，文化堆積較為豐富。
2002年10月8日-2003年1月15日，南京博物院考古研究所和常州市博物館聯(lián)合進行了第一期發(fā)掘。第一期發(fā)掘在該遺址中心區(qū)域分布5×10米探方6個，發(fā)掘面積300平方米。通過發(fā)掘，對新崗遺址的內(nèi)涵有了進一步的了解，在遺址的地層堆積厚度約為3米，共分我為六個層次；一層為耕土層；二層為晚期墓葬擾亂的春秋層；三層至五層為新石器時代菘澤文化堆積層，出土比較密集的菘澤文化時期墓葬，出土器物有玉、石、陶等各類器物，玉器有鉞、璜、環(huán)等，石器有斧、錛、研磨器等，陶器有鼎、豆、壺、罐、杯、紡輪、網(wǎng)墜等，其中一些器物既有典型的菘澤文化特征，又有濃郁的地方特色；六層為馬家浜文化堆積層，出土陶器以紅陶為主，器型以寬檐釜、圓錐足鼎、牛鼻耳罐等器物殘片為主。
第一期發(fā)掘，共出土馬家浜文化墓葬5座、菘澤文化時期墓葬30座、菘澤文化時期居住遺址2座、灰坑1座，共計出土各類文物286件，陶片15849片。此次發(fā)掘，出土多座菘澤文化晚期大墓。其中的五號墓，開口在二層下，長2.55、寬1.2、深0.38米，為長方形土坑豎穴大墓，墓向為北偏東10度。填土為黑中帶黃的花土，近墓底為青黃色土。墓主人頭骨、四肢基本完整，但已酥化，牙齒在東側。未發(fā)現(xiàn)葬具。出土器物分布在人骨架四周，且大部分位于腳部，隨葬有帶把陶鼎、陶甗、陶豆、陶罐、陶杯、陶壺、陶盆、陶紡輪、石錛等各類器物21件，其中的弦紋杯、花瓣圈足杯為菘澤文化的典型器，而帶把鼎又有山東大汶口文化的特征，故此墓既有地方特色，又受其它文化交流的影響。
2003年3月28日-2003年6月20日，南京博物院和常州市博物館又對新崗遺址進行了第二次發(fā)掘，此次仍在遺址中心區(qū)域布5×10米的探方3個，發(fā)掘面積150平方米。這次發(fā)掘比第一期發(fā)掘，出土墓葬更密集，馬家浜文化墓葬1座、菘澤文化墓葬22座，出土了玉、石、陶、青銅（春秋層）等各種器物188件，陶片3616片。尤以47號墓的發(fā)現(xiàn)引人注目，此墓是兩期發(fā)掘中規(guī)模最大的菘澤文化墓葬，開口于三層下，長2.65、寬1.04、深0.43米，長方形豎穴土坑墓，墓向為北偏東10度。填土為極松軟的灰黑土。墓主人仰身直肢，頭骨被壓扁，四肢較完好。出土器物分布在頭、腳兩側，隨葬有鼎、杯、壺、豆、紡輪、盆、甑等14件陶器和環(huán)、璜、鐲3件玉器，玉環(huán)在頭前、玉璜壓在頸下、玉鐲壓在左腕下，與人身上佩帶的部位相符。其中玉璜玉質瑩澤，出土時尤為鮮綠，而玉鐲發(fā)現(xiàn)時已斷成兩截，鐲身有以前修補的痕跡。從此墓的規(guī)模、隨葬品的數(shù)量和種類以及玉器的出土，可以看出墓主是一位在當時有著很高的社會地位和很多財富的女性。
根據(jù)兩期發(fā)掘情況看，新崗遺址涵蓋了馬家浜、菘澤及春秋時期的堆積。其中，馬家浜文化地層較薄，所出墓葬為兒童墓，隨葬品少見。而菘澤文化地層堆積比較豐富，可分為三層，分別代表著早、中、晚三期。新崗遺址早期，墓葬比較簡單，頭向大多北偏東，一般少見或不見隨葬品，無明確組合形式。隨? ??品中，以生產(chǎn)工具為多，有扁平長條形石錛、紡輪等物；陶器以喇叭形足斂口垂棱豆、深腹圜底釜形鼎、高頸扁圓腹平底壺等為代表；基本不見裝飾品。中期墓葬，頭向北偏東，墓葬面積較大，隨葬品增多，隨葬品的生產(chǎn)工具數(shù)量減少，陶器已可看出組合，最常見的是鼎、豆、壺、杯、罐等。其中石器有扁平梯形弧刃斧、長方形斧、長方形弧背錛等；陶器以扁鏟足凹弧足釜形或盆形鼎、矮圈足盆形豆、結節(jié)柄高足豆、直口弧肩折腹罐、長頸扁腹壺、簡形杯等為代表。晚期墓葬，頭向與前兩期相似，偶也出現(xiàn)北偏西的墓葬，墓葬面積進一步擴大，有的大墓長達2米多，隨葬器物主要為生活用具，不見或少見生產(chǎn)工具，出現(xiàn)了裝飾玉器，隨葬品非常豐富，組合仍以鼎、罐、壺、杯、豆為主，特別是出現(xiàn)了專為陪葬而制作的小件明器以及一些異形器。隨葬的石器主要有扁平梯形弧刃斧、扁平長條形錛等；陶器以扁平側足盆形鼎、绹紋把外撇足鼎、矮圈足豆、多節(jié)形圈足淺盤豆、花瓣足筒形杯、觚形杯、竹節(jié)形杯、瓦楞腹花瓣形圈足壺、矮腹盆等為代表，新見的主要器型有甗、圜、底缸等；裝飾玉器以璜為主，也有環(huán)和鐲，還有作為禮器的鉞。這三期的特征非常接近又有區(qū)別。
新崗遺址的發(fā)掘，豐富了馬家浜、菘澤文化的內(nèi)涵，并發(fā)現(xiàn)兩者的地層疊壓關系非常清晰，對研究常州地區(qū)的馬家浜文化——菘澤文化序列增添了較為寶貴的新材料。該遺址晚期有些器物與良渚文化器物極其相似，較好地反映了兩者之間的傳承關系。另一方面，新崗遺址位于太湖流域西緣，處于史前文化南北交融與江淮流域接壤地帶。從出土器物反映，新崗遺址與山東大汶口文化及南京北陰陽營文化均有密切的聯(lián)系，對推動環(huán)太湖史前文化研究有較為重要的意義。