船山書(shū)院于光緒四年（1878）由張憲和創(chuàng)建于衡陽(yáng)迥雁峰下的王衙坪王氏宗祠。書(shū)院內(nèi)仍祭祀船山神位，旨在學(xué)習(xí)、研究“船山學(xué)說(shuō)”，傳播“船山思想”。這是中國(guó)最早以“船山”命名的學(xué)堂。
清光緒十年（1884），船山書(shū)院正式招收生徒，擇師主講，聘請(qǐng)李楊華為首任山長(zhǎng)，書(shū)院章程由衡陽(yáng)知縣張憲和奉學(xué)院令仿照廣東學(xué)堂制定，“不重科舉之學(xué)，授經(jīng)史詩(shī)賦”。當(dāng)時(shí)的兩江總督曾國(guó)荃也“將家藏所刻《船山遺書(shū)》322卷板片捐置書(shū)院”（《彭剛直公奏稿》卷6《改建船山書(shū)院片》）。
清光緒十一年（1885）3月15日，彭玉麟認(rèn)為船山書(shū)院逼近城市，不適合讀書(shū)，上 書(shū)奏請(qǐng)朝廷。并獨(dú)捐銀12000兩將船山書(shū)院遷建于湘江中的東洲島。初時(shí)建筑為三進(jìn)四合院的古典式建筑，有大門、講學(xué)堂、紀(jì)念堂、會(huì)客堂、藏書(shū)館、精舍、湘綺樓等建筑，教學(xué)以“講明夫子之學(xué)”、“扶植人才”為目的，規(guī)定“分經(jīng)授徒”，“每月官師兩課”，“分經(jīng)命題，合卷發(fā)榜”，月課榜首之卷，收入《課藝》刊行。然其時(shí)學(xué)風(fēng)日下，收效甚微。
清光緒十七年（1891），彭玉麟親自聘請(qǐng)王闿運(yùn)為山長(zhǎng)。因?yàn)橥蹶]運(yùn)嫌該書(shū)院后房狹小，彭玉麟又捐銀在書(shū)院后重建樓房5間（于1902年建成），題名“湘綺樓”，作為王闿運(yùn)的書(shū)齋及住房，自此王闿運(yùn)在此主持書(shū)院達(dá)20余年（1891—1915）。王力倡船山之學(xué)，人稱“經(jīng)學(xué)大明，弟子稱盛”，“湖南耆老皆出其門”，如楊度、夏壽田、蔣嘯青、陳兆奎、程崇信等。清末改書(shū)院為學(xué)堂時(shí)，王仍堅(jiān)持未改，僅于1898、1901年略定課程，1905年分4科教學(xué)。1915年改為船山存古學(xué)堂，王作《船山書(shū)院記》以奠。其后相繼于1922年改為船山國(guó)學(xué)院，1925年改為船山文科大學(xué)，1926年改為船山中學(xué)等。
尋訪船山書(shū)院，需要乘船上東洲島，幾株百年古樟首映眼簾，一條彎彎曲曲的古石板路沿著圍墻在幾株古樟之間蜿蜒而上，探探尋尋地向小島深處延伸。從幾近傾塌的大門進(jìn)去，除了幾垛青磚墻壁尚稱得上完好外，門窗、樓板、屋頂和頂棚都已七零八落。眼前荒敗之景與當(dāng)年彭玉麟所提“一瓢草堂遙，愿諸君景仰先型，對(duì)門外岳峻湘清，想見(jiàn)高深氣象；三篙桃浪渡，就此地宏開(kāi)講舍，看眼前鳶飛魚(yú)躍，無(wú)非活潑天機(jī)”聯(lián)語(yǔ)中充盈的活潑生機(jī)已是相去甚遠(yuǎn)了。木質(zhì)的大門和窗欞斑駁粼粼，刻滿了時(shí)光的印記。大院內(nèi)還有一株被島上居民供奉的五指神樟，據(jù)說(shuō)已有1000多歲。有人說(shuō)是樟樹(shù)成精，五根挺拔的樹(shù)干是王介之、王船山、彭玉麟、夏明翰、楊度等五人的化身，雖是傳說(shuō)，又有些牽強(qiáng)附會(huì)，可由此也可看出這些人在衡陽(yáng)歷史上的重要影響，后人對(duì)他們的景仰與懷念。
船山書(shū)院的影響遠(yuǎn)遠(yuǎn)不僅于此，從船山書(shū)院也曾經(jīng)走出了夏明翰等共產(chǎn)主義先驅(qū)，中共創(chuàng)始人之一的何叔衡也是王船山的推崇者，毛澤東在老師楊昌濟(jì)和何叔衡的影響下，也看重船山學(xué)說(shuō)。1921年，毛澤東在何叔衡的支持下，利用船山學(xué)社和學(xué)社經(jīng)費(fèi)，創(chuàng)辦湖南自修大學(xué)，培養(yǎng)一大批革命人才。成為領(lǐng)導(dǎo)全中國(guó)各族人民推翻“三座大山”的革命中堅(jiān)。新中國(guó)成立后的第二年，毛澤東親筆書(shū)寫“船山學(xué)社”匾額，1956年，船山學(xué)社重修竣工，毛澤東又再次書(shū)寫“船山學(xué)社”4個(gè)大字，以紀(jì)念這位偉大的思想家。