阮元家廟總占地面積7492平方米，總建筑面積4782平方米。
建筑軸線分明，氣勢恢宏，初建于清嘉慶年間。房屋組群分為三路，由阮氏東宅、阮氏家廟及阮氏西宅三部分組成，家廟位于阮氏東宅和西宅之間。
家廟前后原有五進(jìn)房屋，以《大清會典》所載“一、二、三品官，廟五間、兩室、階五級、兩廡、三門”規(guī)格建造；廟內(nèi)祀阮氏高、曾、祖、彌四世，祧者藏夾室。廟五間置祖宗龕三臺，兩夾室各置祖宗龕一臺，東西廡各置龕兩臺，高、曾、祖、彌四世木主廟五間的三龕內(nèi)，凡阮元一支孫輩，曾孫輩的木主，按大房（常生）、七房（祜）、五房（福）、八房（孔厚）的順序，由北而南排列在東西廡內(nèi)。
家廟與東路廳房之間有射序巷，供子孫和學(xué)生課余射箭習(xí)武強(qiáng)身之用?！叭钍蠔|宅”原有東路由南向北分別為轎房、對廳、大廳、二進(jìn)、三進(jìn)、四進(jìn)、奉恩樓。大門對面照壁，有磚刻“御賜”、“出門見喜”六字，文革時期用石灰涂抹。第一、二進(jìn)曾分別有金色隸書匾額“力任子肩”和金色篆字匾額“怡志林泉、善自靜攝”，第三進(jìn)曾有贈湘圃公木質(zhì)對聯(lián)一副，今均已不存。惟第一進(jìn)西廂房山墻嵌有四塊關(guān)于成親王永瑆的石刻。
阮元家廟，為江蘇省文保單位，是我省首批名人故居搶救保護(hù)工程項目之一，全面修復(fù)阮元家廟被列入我市文博城建設(shè)的重要項目，由市名城公司負(fù)責(zé)實(shí)施。2008年底完成祠堂內(nèi)單位及住戶搬遷工作，2009年10月完成本體（家廟、享堂、寢堂、奉恩樓、東第住宅等）建筑修繕工作，2010年6月完成阮家祠堂北側(cè)環(huán)境整治項目。維修保護(hù)工作，采用傳統(tǒng)工藝與現(xiàn)代材料相結(jié)合的方式，在遵循不改變文物原狀原則情況下，保持了原有建筑形制和風(fēng)格，消除了文物安全隱患，有利于文物的保護(hù)和利用。
東北側(cè)奉恩樓修復(fù)完成后，現(xiàn)已作為阮元生平展示館向游客開放，展覽詳細(xì)介紹了阮元的生平事跡。隋文選樓位于家廟西北角，為阮元家廟重要建筑之一，曾是阮元藏書治學(xué)的場所。文選樓復(fù)建完成后被布展成為揚(yáng)州學(xué)派紀(jì)念館，展示了揚(yáng)州學(xué)派的起源于發(fā)展，作為揚(yáng)州學(xué)派的研究中心，向游客和市民開放。