云南提督府舊址位于大理古城復興路南部西側，西連博愛路、南連蒼坪街、北至紅龍井。明代為分巡迤西道署，清康熙二年(1663年)云南提督駐扎大理，建為云南提督衙門。
云南提督全稱云南提督總兵官，從一品，節(jié)制臨沅、鶴麗、普洱、開化、昭通、騰越六鎮(zhèn)總兵，直接統(tǒng)轄提標左中右三營，兼轄楚雄協(xié)，武定、大理城守等營，是云南最高武官。云南提督下設中、左、右三營，轄馬戰(zhàn)兵九百名、步戰(zhàn)兵二千一百名、守兵九百名。云南提督的設置標志著清初云南綠營兵制基本形成。云南提督是一省最高軍事長官，肩負著維護清政府在云南邊疆少數民族地區(qū)統(tǒng)治的主要職責，是領導“改土歸流”的主要軍事力量。清代二百五十年間，先后有五十多任提督駐守于此處理軍務，居中馭外，運籌帷幄，為云南邊疆的發(fā)展和鞏固，國家的統(tǒng)一和安寧做出了積極的貢獻。
1840年鴉片戰(zhàn)爭后，云南漢回地主和商人間因為兼并土地、爭奪礦權的矛盾和沖突日益尖銳。清咸豐六年丙辰(1856年)滇西爆發(fā)了以杜文秀領導的反清農民起義。起義軍攻占大理后，將云南提督府改為元帥府作為起義的指揮中心，直至同治十一年（1872）被清軍鎮(zhèn)壓。起義失敗后杜文秀元帥府恢復為云南提督衙門。
辛亥革命后，云南提督府舊址先后歸騰大，楚大及滇西師管司令部管轄。1942年，楚大師管區(qū)司令趙誠伯曾在此接待國畫大師徐悲鴻小住半月。1949年12月滇桂黔邊縱七支隊指揮部駐扎于此，指揮下屬部隊進駐滇西各地，肅清匪患，支援接管，建黨建政，保衛(wèi)地方，實現了大理的和平解放。后交由解放軍第十四軍管轄，1986年移交地方政府，建為大理市博物館。
清初至今，歷經歲月滄桑的提督府內的建筑已有不少改變，但仍保持原有格局，是國內保存較為完善的提督府歷史建筑遺存。1986年大理市博物館成立后，本著“保護為主，修繕為輔”的維修方針，先后修復、修繕了大門、紫禁門、大堂、議事廳及書房等建筑，建筑風格及格局基本保持原有的清代建筑風貌。1985年9月被大理市人民政府公布為第一批市級文物保護單位。1993年11月，被云南省人民政府公布為第四批省級文物保護單位。2019年10月被國務院公布全國重點文物保護單位。