萬州區(qū)博物館前身系四川省萬縣地區(qū)博物館，座落在萬州區(qū)中心地段，館址濱臨長江，與西山公園相鄰，環(huán)境優(yōu)雅、交通方便，是一座以收藏、研究、展示三峽歷史文物、民風民俗為宗旨的地方性綜合博物館。自一九八八年建成開館以來，立足三峽，先后舉辦過“萬縣地區(qū)文物精品展”、“梁平民間工藝美術展”等展覽，現(xiàn)館內(nèi)基本陳列為“川東古墓葬”、“流水年華記憶萬州”、“鹽井古象展”三個展覽，展覽內(nèi)容具有濃郁的地方特色，全面反映了古代三峽地區(qū)的政治、經(jīng)濟和文化面貌，吸引了大量國內(nèi)外觀眾。萬州區(qū)博物館現(xiàn)已成為國內(nèi)外游客了解三峽地區(qū)人文歷史的重要窗口。
萬州區(qū)博物館現(xiàn)有館藏文物4萬余件（套），藏品類型分古生物化石、陶器、瓷器、銅器、石器、金銀器等，藏品時代上迄新石器時代中晚期，下至明清—二十世紀初期，其中以戰(zhàn)國、漢唐、明清時期藏品最為豐富。館藏文物中最有價值的是帶有濃郁巴文化特色的青銅編鐘、錞于、柳葉短劍，造型生動的漢代陶俑及工藝精湛的唐代初期“駙馬墳”出土的青瓷俑。
根據(jù)萬州區(qū)位于三峽旅游黃金線上及三峽工程重慶庫區(qū)腹心地帶的區(qū)位特點，萬州區(qū)博物館結合館內(nèi)藏品優(yōu)勢，目前推出的基本陳列為《川東古墓葬》、《流水年華——記憶萬州》珍貴檔案照片展覽和《鹽井溝古象展》，展覽面積2465平方米，陳列實物538件、復制品及模型34件。
隨著三峽工程建設的開展，線以下的大量地面、地下文物亟待保護搶救，根據(jù)《三峽工程淹沒及遷建區(qū)文物保護規(guī)劃》，萬州范圍內(nèi)有110處地下文物點、24處地面文物點處于水庫淹沒線以下。為搶救保護這些文物，萬州區(qū)博物館一方面成立協(xié)作部門，專門負責全國各地考古隊進場后的協(xié)作配合工作；另一方面成立了萬州博物館考古隊，從1999年以來已陸續(xù)承擔了萬州蘇和坪、下中村、大丘坪等十幾個地下文物點4萬余平方米的發(fā)掘任務，搶救出土文物上萬件，其中2003年度萬州大丘坪墓群的發(fā)掘被評為當年重慶庫區(qū)十大考古發(fā)現(xiàn)，專業(yè)人員還撰寫了大量的考古發(fā)掘報告和研究文章。另外，博物館還擔負區(qū)內(nèi)淹沒線下7處地面文物點的拆遷和復建工作（淹沒線下24處地面文物點中有7處屬于異地搬遷復建，其余為原地保護或留取資料），到2008年4月，洄瀾塔、劉氏牌坊等已復建完工，以嶄新的面貌展現(xiàn)在世人面前，陸安橋等的復建工作正在加緊進行。