花橋慈濟宮始建於宋紹興年間（1131-1162年)。祀北宋泉州名醫(yī)吳本(979-1036軍)字華基、號云沖。閩臺尊稱吳真人、大道公、花橋公、保生大帝。據(jù)史志載,其一生“以醫(yī)名天下,以濟人救物為念,而義不取人一錢”、“業(yè)醫(yī)無貴賤,按病授藥,如矢破的”?；驗槠渖靶嗅t(yī)故址。
清光緒四年（1878年）,泉州紳士及商民于花橋?qū)m內(nèi)倡設泉郡施藥局,博采藥源,廣施民眾,以弘揚吳真人業(yè)醫(yī)濟世、扶危濟困之精神。光緒六年（1880年）改稱泉州府施藥局。
光緒二十三年（1897年）,泉郡鼠疫猖獗,花橋?qū)m施棺舍藥、恤孤扶貧,做了大量救死扶傷、濟困賑災公益善舉。是年,改稱花橋?qū)m善舉公所。施藥局隸屬善舉公所下轄單位,以贈藥施醫(yī)為主,兼辦施棺、度歲（年關救濟）、平糶賑災等慈善事業(yè)。百余年來深獲社會各界善信、熱心家和海內(nèi)外僑胞、港澳臺同胞及宗教界人士支持贊助,常年不斷捐款送藥奉獻愛心。
五十年代,曾易名泉州市愛國贈藥處。1978年恢復花橋舊名,稱為花橋贈藥處。1985年3月18日恢復義診,則沿用今名為泉州花橋贈藥義診所,贈藥施醫(yī)迄今己歷121個春秋。