福田凈寺系繼承松江泗涇地區(qū)宋真宗大中祥符元年（1008）御題“東田禪寺”和初建于清乾隆四十一年（1776）北張涇“嚴家庵”等數(shù)家寺院的重建菩提道場。松江水鄉(xiāng)佛國，泗涇佛根久遠。早在吳越王室正元年（926），陸寶庵由陸寶山三遷至吳淞之曲的盤龍?zhí)翙M塘口（今泗涇淀浦河歸龍橋西首），得吳越王御賜《妙法金字蓮華經(jīng)》，從而成為泗涇地區(qū)最早的禮佛道場。
40年后，又因水淹，于乾德末年（967）由主持僧信遷至七寶，此后信士張澤舍宅而為七寶教寺。陸寶庵東遷十里后的十年，高僧應瑞篳路藍縷，募化擇地，以啟山林。至宋真宗大中祥符元年（1008），寺成請真宗皇帝賜額，御題頒額“東田禪寺”，同時頒題“七寶教寺”，使東西梵宮并峙，譽起龍廷。至明初洪武年間，又增觀音閣，鑄銅塔（迎陽塔）藏經(jīng)。至明萬歷年間，同時建造普渡、福連、武安三座三孔大石橋，每橋跨拱券石上皆刻“南無阿彌陀佛”，被遠近客商禮敬為“水鄉(xiāng)佛國”。東田禪寺西側橋上也因焚香點燭而留下“香花橋”之地名。民謠頌為“三弓（三橋）一箭（銅塔）安一方”，即指當年勝景，亦成為六百多年后重建泗涇安方塔的契機偈語。
原泗涇上海溫度儀表廠東至滬松公路邊近百畝間，就是當年東田禪寺的遺址所在，東田禪寺的遺跡直至1958年尚存。建國后上海最早出版的鄉(xiāng)鎮(zhèn)志《泗涇鎮(zhèn)志》載：“泗涇地區(qū)自宋朝真宋年間始建東田寺起，即有佛教傳播……本鎮(zhèn)規(guī)模和影響最大的是東田寺（即小普陀）”。除此之外，泗涇地區(qū)史載還有龍興庵、北田寺、谷雨山廟、朱莊廟等寺院，但均已先后湮沒。
1994年，初建于清乾隆四十一年（1776）年并始終有所流傳的尼庵“嚴家庵”獲準成為泗涇鎮(zhèn)的臨時宗教活動場所，時負責人為慧清師太，其址在泗涇鎮(zhèn)北張涇6號。2000年6月，由松江區(qū)佛教協(xié)會會長、西林禪寺方丈性修老和尚提議，經(jīng)上海市民族和宗教事務委員會、松江區(qū)人民政府批準，改為比丘道場，并將泗涇鎮(zhèn)上原有八個小廟的土地集中，遷址到今址（即原城隍廟舊址）重建，同年圓通寶殿落成，性修法師慈念應瑞等東田寺歷代高僧大德在泗涇的-之功，激勵后賢-之志，將此寺正名“福田凈寺”。
2003年4月起，受松江宗教辦泗涇鎮(zhèn)人民政府、松江佛協(xié)邀請，兼獲玉佛寺覺醒法師委派，上海佛學院首屆畢業(yè)生、原玉佛寺庫房副寺明非法師成為古鎮(zhèn)泗涇福田凈寺的監(jiān)院。在其主持下，福田凈寺著手恢復叢林制度，完善寺院建設，傾心于名鎮(zhèn)名剎的規(guī)劃。至2006年8月，念佛樓、天王殿、鐘鼓樓、東廂房、功德堂、齋堂先后竣工；至2008年1月，法乳堂、西廂房、生活樓等也0竣工，足具千年名剎氣勢。2008年4月，福田凈寺舉行開光落成慶典，信眾數(shù)千人觀禮參加。
福田凈寺共有三進院落，山門建在石徑牌坊的盡頭，左側門題“不二門”，右側門額“三摩地”，山門為雙層重檐建筑。山門后左右各立鐘鼓樓各一閣，山門正對為天王殿，殿后題額“莊嚴慈護”。殿后為福田凈寺的主殿圓通寶殿，殿內供奉觀世音菩薩，殿后額匾“尋聲救苦”。圓通寶殿后東側有鎮(zhèn)寺之寶，一株五百多年的古銀杏樹；西側掘有放生池，池旁建有觀賞回廊，廊內設有方亭，內供觀音一尊，是為“大悲亭”。圓通寶殿后為廂房式建筑“千佛堂”，其左右各設有圓型拱門，設“般若”“解脫”兩門，各通寺后園林幽處。圓通寶殿兩側各建有步行觀廊建筑，廊內有十八羅漢和釋迦佛祖成長說法等傳達故事的彩繪石雕畫，其姿態(tài)各具神通，甚為傳神。
在天王殿的東? ??兩側各建有一組廂房建筑群，東側有觀音殿，也是素齋館和法物流通處所在地。整座福田凈寺以供奉觀音菩薩為主題，黃墻紅門、灰瓦銀杏，環(huán)境優(yōu)雅，堪與山門外泗涇古鎮(zhèn)的喧鬧形成鮮明對比。