甘肅太子山國家級自然保護區(qū)位于臨夏回族自治州與甘南藏族自治州之間，東南起洮河下游地區(qū)，西南與甘南州臨潭、夏河、合作、卓尼四縣（市）及青海省循化縣毗鄰，東北和臨夏州康樂、和政、臨夏、積石四縣相接。地理位置介于東經(jīng)102°43′～103°42′，北緯35°02′～35°36′之間。東西長約100公里，南北寬約10公里。保護區(qū)總面積127萬畝。
保護區(qū)前身為臨夏州太子山總場，建場于1957年；1991年更名為“臨夏回族自治州太子山水源涵養(yǎng)林建設總場”；2001年12月，甘肅省政府決定將太子山林區(qū)移交省林業(yè)廳直屬管理，2002年7月，省政府頒發(fā)了林權證；2003年9月，太子山自然保護區(qū)管理局掛牌成立；2005年12月，批準為省級自然保護區(qū)；2012年1月由國務院辦公廳確定為國家級自然保護區(qū)。
保護局為縣級事業(yè)單位，內(nèi)設14個部門科室,下轄紫溝、東灣、藥水、松鳴巖、新營、甲灘、關灘和槐山子8個保護站（圃），7站1圃設立了42個保護段（點）。保護區(qū)成立有甘肅省森林公安局太子山分局，為副縣級建制，下轄紫溝、東灣、藥水、新營、刁祁5個林區(qū)派出所。保護局實行局站點三級管理體系,現(xiàn)有職工442人。
保護區(qū)屬于自然生態(tài)系統(tǒng)類別——森林生態(tài)系統(tǒng)類型自然保護區(qū)。保護區(qū)生物多樣性十分豐富，稀有性顯著，據(jù)考察，共有維管植物838種，其中稀有瀕危和重點保護植物有桃兒七、紅花綠絨蒿、星葉草等51種；脊椎動物208種，包括雪豹、林麝、蘇門羚等國家重點保護野生動物11種，鳥類130種，包括胡兀鷲、蒼鷹、藍馬雞等國家重點保護鳥類21種；有兩棲爬行動物8種，其中兩棲類5種，爬行類3種；有魚類10種；昆蟲682種；有大型真菌61種。物種總數(shù)1789種，占甘肅省物種總數(shù)3560的50.25%。
保護區(qū)屬溫帶大陸性氣候，年平均氣溫5.1℃，無霜期110天左右，年平均降雨量660毫米。保護區(qū)海拔在2200—4636米之間，主要由太子山脈發(fā)源而來的一系列山峰和溝谷組成，其中海拔超過4000米以上的山峰有：巴楞山（4080米）、公太子山（4162米）、母太子山（4332米）等。從東向西縱布著近30條峽谷，每條山谷間都有河（溪）流流淌:據(jù)統(tǒng)計，發(fā)源于保護區(qū)的大小河（溪）流近200多條，其中較大的河流有16條。由于境內(nèi)群峰林立，溪流奔涌，地貌奇特，林海雪原，形成了二郎廟、麻山峽、后東灣、扎子河、藥水峽、松鳴巖、鐵溝、大灣灘、三岔溝、槐樹關、關灘等10多處風光各異的森林風景區(qū)，吸引了省內(nèi)外游客紛紛前來休閑度假、觀光旅游。
長期以來，保護局始終致力于自然保護區(qū)保護、管理和發(fā)展，堅持不懈推進退耕還林、天然林保護、三北防護林體系等林業(yè)生態(tài)工程建設及國家重點公益林建設，持續(xù)恢復擴大森林資源，森林覆蓋率達到32.16%，有林地面積由12萬畝增加到36.8萬畝，活立木總蓄積由11萬立方米增加到36.4萬立方米，實現(xiàn)了森林資源面積和蓄積的雙增長。區(qū)內(nèi)生物多樣性也大幅度增加，已造就一片甘肅省中部地區(qū)最大的天然林基地。特別突出的是，這片綠色寶地除了穩(wěn)定地發(fā)揮森林調(diào)節(jié)氣候、防風固沙、減碳貯養(yǎng)等功能外，她所涵養(yǎng)的水源，滿足了藥水、大灣灘、太子山水庫等大型水庫備用水源，在太子山林區(qū)埋設的26條飲水管道，供給著臨夏州三分之二人民群眾的生活用水和灌溉用水。因此，太子山國家級自然保護區(qū)被稱為臨夏州乃至甘肅省中部地區(qū)的綠色屏障。