藏佛殿，殿內(nèi)因有11米多高大悲彌勒站佛而得名。進(jìn)深34米，寬26米，高20多米，分前堂、拜殿、甬道、內(nèi)陣外陣幾個部分組成，其規(guī)模之大，為馬蹄寺石窟之最。拜殿左、右、后三面開甬道相互連接，甬道兩壁開四十六個窟龕，塑有35位普明大日如來，均為元代風(fēng)格。大悲彌勒站佛，右手微握拳置于胸部，左手下垂，馬蹄寺僧人傳說：“大悲彌勒大佛弟兄三人出外準(zhǔn)備周游到佛教五大名山，途中老大在張掖等待，老大睡著了（指張掖睡佛）”，老三在馬蹄寺起程，該站佛面朝北眺望，確有趕路的樣子，0到山丹，忽然想起二弟兄，就坐在那里歇息。前堂的壇基上曾有三層高低不齊的佛像和藏傳0神，整個大殿中眾佛薈萃云集，像一個正在進(jìn)行熱烈，嚴(yán)肅的辯經(jīng)場面，氣氛異常壯嚴(yán)、肅穆。兩側(cè)的壁畫是明代早期作品，由常嘉輝留日勤工儉學(xué)捐贈一千元加固后，兩副壁畫至今保存完整。大殿中央的地石上鑲著一塊青石板，卻有一段生動的故事。
很古之前，有一位王妃，據(jù)說是羅哲培王子的妃子叫更增拉毛，為人善良，深受百姓愛戴，有一次感到十分口渴，路過南寺山腳下的一條泉水邊，雙手捧起清烈的泉水來解喝，原來有一條水妖，藏語叫：“魯”，被王妃飲入腹中，水妖潛入王妃腹內(nèi)，王妃不醒人事，變成了一位羅剎女。此羅剎女兇猛異常，吃人吃畜，使地方上人畜逐年減少，沒有一點生機，民眾苦不堪言。文殊菩薩大發(fā)慈悲，便從西藏指派大成就者──阿哇杜德瓦，持文殊菩薩的七星寶劍前來制服這一妖女。
大成就阿哇杜德瓦到此地一個牧民家，晚上住宿，家中主人說：此地有一妖女，兇猛異常，你不要在我家寄宿，半夜里妖女必定要來，十分危險。大成就也叫仙者，仙者說：“不要怕，我有制服她的辦法”，待到深更半夜，刮起一股冷風(fēng)，這個妖女便出現(xiàn)了，長發(fā)披兩肩，垂著兩個長長的0，忽現(xiàn)忽隱，變換莫測，大仙者，誦咒語施法術(shù)，將王妃腹中的水妖“魯”與其身分離，王妃此時也不省人事，仙者乘機用七星寶劍向這水妖砍去，水妖見勢不妙，便變成一條大毒蛇，張牙舞爪，企圖呈兇，仙者舉起七星寶劍便把這毒蛇，剁成九段，分別埋到北寺山腳下的低洼處，50年代在那兒有八個石堆，現(xiàn)在仍能見到幾處遺跡，而毒蛇的頭尾壓在北寺藏佛殿大悲彌勒站佛前一塊青石板下，青石板至今放在原位置上，而七星寶劍1958年丟失，三十年后失而復(fù)得，現(xiàn)存石窟中。過去每年正月初三，寺院上的僧人誦完經(jīng)，眾僧到此，舉起右手，左腳踏在這塊青石板上，以馬步弓形的姿態(tài)，口中發(fā)出“唉！”的喊聲擊著手掌，同時，踏在石板上一只腳點三次，這樣的動作和喊聲連續(xù)重復(fù)三次，表示將妖魔徹底制服了，讓妖魔永不得翻身。
女妖斬斷后，王妃蘇醒過來象做了一場惡夢一樣，十分感激大仙者，拜其為師，便皈依佛教，她請高手匠人仿仙者雕刻一尊玉石像供奉，后怕有失，就將玉石像裝進(jìn)大悲彌勒站佛腹內(nèi)，所以叫藏佛殿。