扎東寺位置坐落在219國(guó)道沿線的老仲巴，離地區(qū)約有594 公里，離仲巴新縣城約22公里,海拔4700米左右，具有1300多年的歷史。
建寺原因公元七世紀(jì)，松贊干布統(tǒng)一吐蕃各部落以后，向唐王朝和尼泊爾求婚娶文成公主和尺尊公主入藏，從而佛教從內(nèi)地和尼泊爾相繼傳入。吐蕃松贊干布在文成公主和尼泊爾尺尊公主的影響下，崇奉佛教。當(dāng)時(shí)，準(zhǔn)備建寺供奉兩位公主入藏時(shí)帶來的佛像。文成公主運(yùn)用陰陽五行及易理，觀看地形，尋找適合建寺的基地時(shí)，發(fā)現(xiàn)吐蕃的地形乃羅剎女仰臥身形，建寺過程0現(xiàn)許多阻礙，為了鎮(zhèn)壓羅剎女，建寺順利成功，松贊干布采納了文成公主的主張，吐蕃各地見了很多寺廟，大昭寺以鎮(zhèn)其心臟，并于四周建立鎮(zhèn)壓女魔肘部和膝蓋等部位的寺廟。
扎東寺是尺尊公主的主持和扶助下建的，屬于后建的四大寺廟之一，其一鎮(zhèn)壓右肘而建在東虎頭上的貢布普曲寺；其二鎮(zhèn)壓左肘而建的南龍冠上的功鼎金寺；其三鎮(zhèn)壓右膝蓋而建在西紅鳥背上的彌勒格杰寺；其四鎮(zhèn)壓左膝蓋而建在北烏龜額頭上的扎東寺。
扎東寺藏語意為所座落的這座山從東南或西面卓瑪拉山的高處看望，這山很像一只烏龜停留在此地，這座寺就建在烏龜?shù)念~頭部位上，扎東系藏語意思是額頭置上之意，原先該寺叫扎阿孜寺廟，這是取名的原因之一；另一個(gè)說法是當(dāng)時(shí)該寺的主供佛一面普明宏光佛，這尊佛是從印度帶入該寺，這尊佛的佛像內(nèi)藏有七根光音天佛（極光凈）的真實(shí)頭發(fā)，因此叫扎東（七根頭發(fā)）寺。
扎東寺歷史價(jià)值據(jù)歷史記載該寺是阿里神山的必經(jīng)之門，原該寺周圍有17座佛塔，轉(zhuǎn)13次（包括佛塔和該寺左則的卓瑪山）這座寺廟相當(dāng)于轉(zhuǎn)一次阿里的岡底斯神山，曾“哈薩克”入侵現(xiàn)在的仲巴縣一帶，其目的是搶劫佛經(jīng)和文物，但扎東寺在云霧的籠罩下，沒有發(fā)現(xiàn)該寺的存在，保存完好，具有神奇而無量的佛法福力。
吐蕃王朝政權(quán)崩潰、瓦解后，扎東寺由吐蕃王浪塔瑪?shù)膬鹤託W松的后裔貢當(dāng)氏族管理，一直到20世紀(jì)。在此期間，由于管理不嚴(yán)，該寺的正常宗教活動(dòng)議事荒廢。寺廟雖然維修了幾次，但是沒有堅(jiān)持到底，未完成寺廟的修繕工作。曾五世0喇嘛掌握西藏政教合權(quán)，建立噶丹頗章政權(quán)后，對(duì)扎東寺進(jìn)行了一次大規(guī)模的維修；1902年，十三世達(dá)喇嘛土旦嘉措為了徹底修繕好該寺，專門派了建造技術(shù)人員，并且所有的開支都有地方政府來承擔(dān)。維修完成后，從薩嘎塔杰林寺派五名僧人到扎東進(jìn)行宗教活動(dòng)。1959年的一段時(shí)間，由于密宗管理該寺，扎東寺在當(dāng)?shù)厝罕娂澳岵礌柲舅固恋娜罕娭杏幸欢ǖ挠绊懀侨?史較長(zhǎng)的寺廟之一。
該寺廟在文革期間受到毀損，大量文物散失無余，佛像經(jīng)典法器被砸或焚毀，經(jīng)卷流失。西藏和平解放后，黨中央實(shí)行宗教信仰自由政策，在原有的基礎(chǔ)上重新維修該寺廟，形成了現(xiàn)有的規(guī)模相對(duì)較大的扎東寺。
扎東寺的大金堂分三部：最里面是由四根柱子組成的大堂，在這供捧了蓮花生大師（當(dāng)?shù)貍€(gè)體戶索朗多杰于2000年投資修建的）、釋迦牟尼、普明宏光佛、金剛和綠度母等佛像，擺放的佛經(jīng)是屬于甘珠爾，大堂門前的臺(tái)階上有一個(gè)小洞，許多朝拜者和當(dāng)?shù)啬寥赫f這洞可以分辨每個(gè)人罪孽的輕重，根據(jù)歷史的記載和壁畫證明，這時(shí)該寺的主供佛是一面普明宏光佛，這佛像是從印度的一個(gè)湖里誕生，最后帶入該寺，因此對(duì)著這洞聽罪孽輕者從洞里聽得出斑頭雁在湖中玩耍的聲音，重者聽不到；中間是四根柱子組成的四大天王殿，佛經(jīng)是丹珠爾；下面有兩根柱子組成的兩位門? ??(馬頭明王和不動(dòng)忿怒明王)殿還有四根柱子組成的護(hù)法神履，旁邊是由四根柱子組成的金手菩薩的般若室，殿門搶履南側(cè)是馬頭金剛的般若室，里面有密宗事部三怙主的佛殿。該寺的壁畫里主要有蓮花生八號(hào)、八大隨佛子、藥師八佛和密宗三怙主等。
扎東寺傳說據(jù)傳說格薩爾王前往西部攻打達(dá)爾斯王時(shí)，曾經(jīng)過該寺，該寺左則的轉(zhuǎn)寺路邊石頭上顯現(xiàn)各種足跡，有格薩爾王的坐騎江貴占堆的馬蹄和格薩爾王的寶座，還有一個(gè)深為二十五公分左右的石盤，傳說是格薩爾王的妻子斯江珠姆洗發(fā)的用具，離這不遠(yuǎn)處還有她裝酥油的小石盒。轉(zhuǎn)寺的路邊還有一個(gè)深為十公分左右的石洞，據(jù)當(dāng)?shù)啬撩駛髡f是洗罪之洞，很多朝拜者轉(zhuǎn)寺時(shí)把自己的手放進(jìn)這洞，祈求洗脫自己今世的罪孽。
這尊佛像由西藏拉薩信教群眾修建。