馬尾天主堂建筑群位于馬尾麓三岐山，始建于1868年，為一建筑群，現(xiàn)存四處建筑（馬尾天主教堂主樓、馬尾天主教堂育嬰堂、馬尾天主教堂老人院、馬尾天主教堂小修院）。
根據(jù)《馬尾區(qū)志》記載，馬尾天主教堂建筑群始建于清同治七年（1868年），原為西班牙神甫創(chuàng)辦的小修院的宿舍；光緒十一年（1885年）以原房屋為基礎(chǔ)創(chuàng)立馬尾天主教堂，光緒二十九年（1903年）船政法籍監(jiān)督杜業(yè)爾新建磚木結(jié)構(gòu)的法國式新教堂。
馬尾天主教堂建筑群現(xiàn)存的建筑均建于不同時期。
根據(jù)《馬尾區(qū)志》記載，清同治五年(1866年)，馬尾境內(nèi)已有天主教活動。當(dāng)時，船政大臣沈葆禎聘法國人日意格、德克碑為正、副監(jiān)督；還聘雇洋匠。這些人大多攜帶家眷，而且多為天主教徒，法籍和英籍員工在洋匠房之左各建規(guī)模很小的教堂。
同治五年（1866年），西班牙神甫創(chuàng)辦小修院。
同治七年（1868年），西班牙神甫在三岐山建石砌雙層房屋為宿舍。他們合約期滿回國后，房屋移交給天主教會。
光緒十一年(1885年)，以石屋為基礎(chǔ)，創(chuàng)立馬尾天主教堂，接納和發(fā)展當(dāng)?shù)亟掏?。參加活動的除馬尾境內(nèi)外，尚有琯頭(連江縣)、尚干(閩侯縣)、營前、洋嶼(均為長樂縣)等地教徒。由法國、西班牙神甫傳教。教堂還創(chuàng)辦育嬰堂、仁慈堂。
光緒二十九年（1903年），船政法籍監(jiān)督杜業(yè)爾在三岐山建磚木結(jié)構(gòu)的法國式新教堂，以西班牙蒲錫恩為神甫。
民國37年(1948年)，外籍神甫相繼回國，由林導(dǎo)明神甫主持活動，有教徒200人，以水上船民為主。
“文革-”期間，活動停止，天主教堂連同育嬰堂、仁慈堂均被福建省馬尾造船廠和福州第二十四中學(xué)作為職工(教工)宿舍。
中共十一屆三中全會后，部分天主教徒自發(fā)恢復(fù)宗教活動，設(shè)2個家庭聚會點作為禮拜(星期日)聚會活動場所，有教徒60人。
1996年，修整天主教堂，教徒集中教堂做禮拜。1997年，有教徒200人。