江西鄱陽(yáng)湖南磯濕地國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)位于鄱陽(yáng)湖主湖區(qū)的南部，處在贛江北支、中支和南支三大支流匯入鄱陽(yáng)湖開(kāi)放水域沖積形成的三角洲前緣，其主要保護(hù)對(duì)象是贛江入湖口濕地生態(tài)系統(tǒng)以及賴之生存的野生動(dòng)植物資源。受贛江水流和鄱陽(yáng)湖特殊水文相互作用，保護(hù)區(qū)水陸時(shí)空更替強(qiáng)烈，濕地處于快速演替之中。保護(hù)區(qū)總面積3.33萬(wàn)公頃（333平方公里），整體位于南昌市新建縣境內(nèi)的鄱陽(yáng)湖區(qū)，包括南磯鄉(xiāng)的全部，以及聯(lián)圩鄉(xiāng)的部分湖區(qū)。
因處在贛江口與鄱陽(yáng)湖的結(jié)合部，保護(hù)區(qū)深受贛江和鄱陽(yáng)湖水文節(jié)律影響。春夏豐水期時(shí)，保護(hù)區(qū)被洪水覆蓋，成為鄱陽(yáng)湖浩瀚水域的一部分，只有南山和磯山兩個(gè)人居島嶼出露湖面；秋冬枯水期時(shí)，水落灘出，保護(hù)區(qū)顯露為贛江三角洲的前緣，呈現(xiàn)河湖交錯(cuò)，洲灘鑲嵌的濕地景觀。
保護(hù)區(qū)完整的河口濕地生態(tài)系統(tǒng)，為濕地物種提供了類型完備的棲息地，孕育了豐富的生物多樣性。
保護(hù)區(qū)通過(guò)綜合科學(xué)考察（2003年－2005年）記錄到維管束植物443種，水生植物156種，浮游動(dòng)物111種，底棲動(dòng)物62種，水生昆蟲(chóng)168種，魚(yú)類58種，鳥(niǎo)類205種，兩棲動(dòng)物11種，爬行動(dòng)物23種，哺乳動(dòng)物22種。
由于地處贛江、鄱陽(yáng)湖和長(zhǎng)江的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)，保護(hù)區(qū)具有良好的通江性,不僅是鯉、鯽等經(jīng)濟(jì)魚(yú)類的重要產(chǎn)卵和育肥場(chǎng)所，也是長(zhǎng)江中下游地區(qū)青、草、鰱、鳙、鰻鱺、刀鱭、鳳尾魚(yú)等洄游型魚(yú)類的主要洄游通道甚至最后的避難所，對(duì)于鄱陽(yáng)湖、贛江和長(zhǎng)江漁業(yè)資源保護(hù)與可持續(xù)利用具有重要意義。
保護(hù)區(qū)處在東亞－澳大利亞水鳥(niǎo)遷飛線路之中，是重要的水鳥(niǎo)越冬地和中繼站，在候鳥(niǎo)保護(hù)上具有國(guó)際意義。205種鳥(niǎo)類中，國(guó)家Ⅰ級(jí)保護(hù)鳥(niǎo)類4種：東方白鸛、黑鸛、白頭鶴、白鶴；國(guó)家Ⅱ級(jí)保護(hù)鳥(niǎo)類24種：小天鵝、白琵鷺、花田雞等；保護(hù)區(qū)觀察到猛禽15種。
保護(hù)區(qū)擁有80多種水鳥(niǎo)，，其中16種水鳥(niǎo)種群數(shù)量達(dá)到國(guó)際重要濕地的標(biāo)準(zhǔn)。列入IUCN極危物種名錄的鳥(niǎo)類2種，瀕危的3種，易危的7種。
列入中日、中澳政府《候鳥(niǎo)保護(hù)協(xié)定》的分別有107種和27種，各占《協(xié)定》種類的47%和33%。
保護(hù)區(qū)典型的入湖口濕地生態(tài)系統(tǒng)，是河口自然地理、水文和生態(tài)環(huán)境監(jiān)測(cè)等學(xué)科的天然研究基地，是研究?jī)?nèi)陸河口濕地生態(tài)系統(tǒng)不可多得的場(chǎng)所。
由于緊鄰省會(huì)南昌，保護(hù)區(qū)是難得的科普教育基地，具有良好的生態(tài)旅游開(kāi)發(fā)潛力。
南磯濕地國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)所處的贛江口－鄱陽(yáng)湖濕地生態(tài)系統(tǒng)，還為凈化鄱陽(yáng)湖和長(zhǎng)江下游水質(zhì)起到了重要作用，并為該地區(qū)提供了蓄滯洪水、調(diào)節(jié)氣候等多項(xiàng)生態(tài)服務(wù)功能。