江西鄱陽湖南磯濕地國家級自然保護區(qū)位于鄱陽湖主湖區(qū)的南部，處在贛江北支、中支和南支三大支流匯入鄱陽湖開放水域沖積形成的三角洲前緣，其主要保護對象是贛江入湖口濕地生態(tài)系統(tǒng)以及賴之生存的野生動植物資源。受贛江水流和鄱陽湖特殊水文相互作用，保護區(qū)水陸時空更替強烈，濕地處于快速演替之中。保護區(qū)總面積3.33萬公頃（333平方公里），整體位于南昌市新建縣境內(nèi)的鄱陽湖區(qū)，包括南磯鄉(xiāng)的全部，以及聯(lián)圩鄉(xiāng)的部分湖區(qū)。
因處在贛江口與鄱陽湖的結(jié)合部，保護區(qū)深受贛江和鄱陽湖水文節(jié)律影響。春夏豐水期時，保護區(qū)被洪水覆蓋，成為鄱陽湖浩瀚水域的一部分，只有南山和磯山兩個人居島嶼出露湖面；秋冬枯水期時，水落灘出，保護區(qū)顯露為贛江三角洲的前緣，呈現(xiàn)河湖交錯，洲灘鑲嵌的濕地景觀。
保護區(qū)完整的河口濕地生態(tài)系統(tǒng)，為濕地物種提供了類型完備的棲息地，孕育了豐富的生物多樣性。
保護區(qū)通過綜合科學考察（2003年－2005年）記錄到維管束植物443種，水生植物156種，浮游動物111種，底棲動物62種，水生昆蟲168種，魚類58種，鳥類205種，兩棲動物11種，爬行動物23種，哺乳動物22種。
由于地處贛江、鄱陽湖和長江的關(guān)鍵節(jié)點，保護區(qū)具有良好的通江性,不僅是鯉、鯽等經(jīng)濟魚類的重要產(chǎn)卵和育肥場所，也是長江中下游地區(qū)青、草、鰱、鳙、鰻鱺、刀鱭、鳳尾魚等洄游型魚類的主要洄游通道甚至最后的避難所，對于鄱陽湖、贛江和長江漁業(yè)資源保護與可持續(xù)利用具有重要意義。
保護區(qū)處在東亞－澳大利亞水鳥遷飛線路之中，是重要的水鳥越冬地和中繼站，在候鳥保護上具有國際意義。205種鳥類中，國家Ⅰ級保護鳥類4種：東方白鸛、黑鸛、白頭鶴、白鶴；國家Ⅱ級保護鳥類24種：小天鵝、白琵鷺、花田雞等；保護區(qū)觀察到猛禽15種。
保護區(qū)擁有80多種水鳥，，其中16種水鳥種群數(shù)量達到國際重要濕地的標準。列入IUCN極危物種名錄的鳥類2種，瀕危的3種，易危的7種。
列入中日、中澳政府《候鳥保護協(xié)定》的分別有107種和27種，各占《協(xié)定》種類的47%和33%。
保護區(qū)典型的入湖口濕地生態(tài)系統(tǒng)，是河口自然地理、水文和生態(tài)環(huán)境監(jiān)測等學科的天然研究基地，是研究內(nèi)陸河口濕地生態(tài)系統(tǒng)不可多得的場所。
由于緊鄰省會南昌，保護區(qū)是難得的科普教育基地，具有良好的生態(tài)旅游開發(fā)潛力。
南磯濕地國家級自然保護區(qū)所處的贛江口－鄱陽湖濕地生態(tài)系統(tǒng)，還為凈化鄱陽湖和長江下游水質(zhì)起到了重要作用，并為該地區(qū)提供了蓄滯洪水、調(diào)節(jié)氣候等多項生態(tài)服務(wù)功能。