黑龍江肇源沿江濕地自然保護區(qū)位于黑龍江省肇源縣西北部，屬松嫩平原中部，包括11個鄉(xiāng)鎮(zhèn)的范圍。保護區(qū)東部與黑龍江省肇東市澇洲鎮(zhèn)相鄰、南部隔松花江與吉林省扶余縣、松原市和前郭爾羅斯蒙古族自治縣接壤，西部與吉林省大安縣和鎮(zhèn)賚縣隔嫩江相望，北部是肇源縣行政區(qū)和泰康縣。保護區(qū)總面積5,7870hm2。地理坐標(biāo)為東經(jīng)124o15′25″— 125o47′45″，北緯45o20′27″— 45o34′37″。行政區(qū)在黑龍江省肇源縣境內(nèi)。
黑龍江肇源沿江濕地自然保護區(qū)是我國東北地區(qū)中溫帶平原區(qū)最具代表性和典型性的濕地及水域生態(tài)系統(tǒng)。保護區(qū)的自然地理條件決定了其濕地景觀的特點。由于地處松嫩平原中部，呈西北高東南低的走勢，多為沖積而形成的泛洪平原區(qū)。地勢較為平坦，河川漫崗起伏。海拔在122米一130米之間。沿江地帶到處是河谷漫灘和沙丘。
黑龍江肇源沿江濕地自然保護區(qū)內(nèi)分布有河流、湖泊、沼澤、草甸等多種濕地類型。這種具有河流、湖泊、沼澤、草甸和沙丘相互交錯，層層疊疊的自然景觀類型，復(fù)雜多樣的生境斑塊，充分體現(xiàn)了肇源沿江濕地自然保護區(qū)的典型性。
河流濕地，在肇源沿江濕地自然保護區(qū)中共有大小河流IO余條，河流濕地面積7862hm2，占保護區(qū)濕地面積的18.94%，占肇源沿江濕地自然保護區(qū)面積的13.58%。主要河流有第一松花江、嫩江、第二松花江及其支流，其中第一松花江在保護區(qū)內(nèi)面積為4536hm2，嫩江在保護區(qū)內(nèi)面積為3326hm2。
湖泊濕地，在肇源沿江濕地自然保護區(qū)中有大小湖泡近百個，主要分布在嫩江及第一松花江沿岸，主要的湖泡有新興湖、茂興湖、南泡子、李店泡、大片泡、蓮花泡、黑魚泡和白魚泡等。總面積為5254hm2，占保護區(qū)濕地面積的12.65%，占肇源沿江濕地自然保護區(qū)面積的9.08%。
泛洪平原濕地，主要分布于保護區(qū)內(nèi)沿江兩岸的溝谷、澇洼地、小型盆地以及寬河谷向兩側(cè)的過度地帶。在保護區(qū)內(nèi)分布廣泛，總面積達14556hm2。占保護區(qū)濕地面積的35.06%，，占肇源沿江濕地自然保護區(qū)面積的25.15%。
草本沼澤濕地，此類型沼澤濕地遍布于肇源沿江濕地自然保護區(qū)，是組成肇源沿江濕地的主體，面積為13848hm2，占保護區(qū)濕地面積的33.35%。占肇源沿江濕地自然保護區(qū)面積的23.93%。在保護區(qū)內(nèi)分布極廣，在河流兩側(cè)的低洼地，湖泊及泡沼周圍均有其分布。
肇源沿江濕地自然保護區(qū)是以沿江濕地生態(tài)系統(tǒng)、自然景觀資源和棲息于其中的珍稀瀕危野生動植物為主要保護對象，集生物多樣性保護、科學(xué)研究、宣傳教育、生態(tài)旅游與濕地可持續(xù)利用等多項功能于一體的綜合性自然保護區(qū)，是開展丹頂鶴、白枕鶴、東方白鶴等珍稀瀕危野生動物物種研究和保護的重要基地，也是生物多樣性比較豐富的區(qū)域。據(jù)調(diào)查和文獻記載，肇源沿江濕地自然保護區(qū)分布的各類植物達69科422種，其中蘚類植物有3科4種，蕨類植物3科5種，被子植物63科413種。在河流、湖泊、草甸和沼澤濕地中分布有大量適于濕潤條件的沼生、濕生和部分中生植物，其中也有屬于第三紀(jì)孑遺植物種。國家級重點保護植物有野大豆等。保護區(qū)內(nèi)分布的魚類有6目9科45種，占黑龍江省魚類種數(shù)(105)的42.86%。因為黑龍江省屬北方高寒地區(qū)，由于氣候寒冷而干燥，兩棲類和爬行類動物相對來說種類較少。保護區(qū)分布的兩棲類動物4科6種，占黑龍江省種數(shù)(12)的50.0%。爬行類動物4科6種，占黑龍江省爬行動物種數(shù)(16)的37.5%。
肇源沿江濕地自然保護區(qū)內(nèi)分布的鳥類共計有16目45科228種，占黑龍江省鳥類種數(shù)(343)的66.47%，沼澤濕地鳥類占居主? ?地位，草原及農(nóng)田鳥類也占有相當(dāng)大比例。國家I級重點保護鳥類有5種，其中有東方白鶴、金雕、白鶴、丹頂鶴和大鴇等，國家II級保護鳥類3l種，黑龍江省重點保護鳥類26種，省一般保護鳥類151種；中日候鳥保護協(xié)定保護鳥類139種，中澳候鳥保護協(xié)定保護鳥類37種。
肇源沿江自然保護區(qū)內(nèi)分布的獸類據(jù)統(tǒng)計有5目9科21種，占黑龍江省獸類種數(shù)(87)的24.14%，沒有國家重點保護獸類，黑龍江省重點保護獸類3種，省一般保護獸類21種。